En otoño de 1945 se constituyó, bajo el asesoramiento del Comandante Fanton, una War Crimes Commission que sometió, de noviembre de 1945 a abril de 1946, a estos presos a un implacable y cruel interrogatorio. Integraban esta comisión los siguientes miembros del ejército norteamericano: Burton F. Ellis (Tte. Corl.) Raphael Shumacker (Capt.), Robert E. Byrne (Tte.), William R. Perl (Tte.), Morris Ellowitz, Harry Thon, Kirschbaum. Durante todo aquel tiempo los miembros de la comisión sometieron a los detenidos a coacciones psicológicas y torturas físicas para obtener confesiones. Entre las primeras, régimen de prisión con aislamiento absoluto, métodos persuasivos para convencer a los soldados de que acusaran a sus jefes, y a éstos de que se confesaran culpables para librar de esta forma a sus subordinados —según declaró después el Coronel Jochen Peiper (que tenía 29 años de edad cuando el suceso), si bien se le reconocía por los instructores su intachable y meritorio historial militar, estaba considerado por la prensa y el ejército estadounidenses como el mayor criminal de guerra y, por tanto, al objeto de librar de toda responsabilidad a sus subordinados, debía declararse culpable (Peiper llegó a aceptar esta propuesta poniendo como condición que su declaración se hiciese ante un notario americano y otro alemán, no admitiéndosele entonces)—, juicios sumarísimos simulados, con crucifijo y cirios, con pruebas falseadas y sentencias de muerte; incluso ejecuciones fingidas, apretando la cuerda hasta el desvanecimiento y después de solicitar la última voluntad. Por otra parte, promesas de atenuación de pena, de cese de malos tratos y de concesión de libertad, así como también amenazas de represalias contra la familia. Torturas físicas consistentes en régimen de oscuridad, interrupción del sueño, puñetazos y golpes con barras de metal en la espinilla, en los órganos genitales y en partes heridas, capuchas malolientes, etc. Estas brutalidades se intensificaban en el momento de la declaración, durante la cual se golpeaba a los detenidos hasta el punto de causarles heridas graves y motivar su desvanecimiento. Uno de los acusados, de 19 años de edad, se suicidó colgándose en su celda.
Con estos procedimientos, y considerando, además, que los presos tenían la convicción de que estaban perdidos de todas formas, se consiguieron 71 oficiales y soldados "culpables", resultado de las confesiones obtenidas, que los soldados americanos y civiles belgas asesinados eran unos 900. Como que el "crimen" tomaba, de esta manera, mayor importancia que la que presentaba inicialmente, ya que sólo se suponían 71 asesinados, la acusación abarcó también a los generales Ditrich, Priess y Krámer, con lo que resultaban ser 74 los "culpables" del crimen de Malmedy.
A mediados de abril de 1946 se celebró en Dachau el "juicio", siendo para ello trasladados previamente allí los acusados y 300 testigos. Presidió el tribunal el General Dalbey, y actuó como asesor jurídico el Coronel Rosenfeld, que fue quien señaló el procedimiento a seguir, sin atenerse a ninguna norma escrita. Los mismos componentes de la comisión, que habían intervenido como instructores y arrancado las acusaciones, actuaron como acusadores en el juicio. La defensa corrió a cargo del Coronel norteamericano W. M. Everett, que lo solicitó voluntariamente, y de abogados alemanes. Pero mientras los miembros de la acusación tuvieron varios meses para preparar sus pruebas, Everett sólo dispuso de muy breve espacio de tiempo antes del día 16 de mayo de 1946, fecha en que se inició el juicio oral, y los abogados alemanes fueron convocados inmediatamente antes de la vista. Empezó el juicio aportando la acusación como pruebas concluyentes de culpabilidad las confesiones escritas obtenidas durante la instrucción. La defensa protestó inmediatamente, procediéndose luego a la prueba testifical. Esta no resultó favorable a la acusación, puesto que todos los testigos alemanes declararon la verdad manifestando que sus testimonios anteriores les habían sido arrancados por la fuerza. También los acusados se retractaron de sus confesiones explicando la forma como les habían sido obtenidas. La prueba de la acusación resultó todavía más debilitada cuando compareció para declarar como testigo el teniente coronel norteamericano McGown, que se había trasladado en avión desde los EE. UU. para este objeto. Este militar norteamericano había caído prisionero de la unidad alemana acusada por el crimen de Malmedy, siendo el militar de mayor graduación de entre los prisioneros. Por este motivo se hizo cargo de los mismos cuando fueron abandonados por los alemanes, y tuvo ocasión de interrogarles. Declaró que tanto él como los demás prisioneros habían sido tratados correctamente durante su fugaz cautiverio. La defensa consiguió además que el tribunal aceptara la prueba de inspección ocular, trasladándose al lugar del suceso, y poniéndose también allí en evidencia que los datos de la acusación no concordaban con la realidad. Todo ello, sin embargo, de nada sirvió. En el momento culminante del proceso, cuando los testigos de cargo declararon bajo juramento que sus testimonios durante el sumario habían sido conseguidos mediante torturas ejercidas sobre ellos, el miembro de la acusación Perl declaró, también bajo juramento, que no se había ejercido ningún maltrato durante la instrucción. Para el tribunal fue esto suficiente, y con gran rapidez, el día 16 de julio de 1946, dictó sentencia. Estuvo deliberando durante dos horas y veinte minutos, dedicando, pues, dos minutos a cada uno de los acusados. En la sentencia se imponían:43 penas de muerte por ahorcamiento,22 penas de prisión perpetua, 2 penas de 20 años de prisión, 1 pena de 15 años de prisión, y 5 penas de 10 años de prisión. La sentencia no contenía ningún razonamiento. Los condenados fueron sólo 73, porque uno de los acusados alegó su nacionalidad francesa, y fue enviado a su país para ser juzgado allí. La sentencia era inapelable. Sin embargo, debía ser confirmada por el Gobernador norteamericano en Alemania, solicitando Everett la revisión del proceso y partiendo luego, en 1947, para los EE. UU. Se hizo cargo entonces de la defensa en Alemania el doctor Leer. La actuación de los defensores consiguió que el general Clay (20 de marzo de 1948) redujera a 12 las condenas de muerte y rebajara ligeramente las privativas de libertad. El General reconoció, al conceder este indulto parcial, la deficiencia de las pruebas, lo cual resulta un razonamiento completamente arbitrario. Everett realizó en los EE. UU. su última gestión, consistente en recurrir al Tribunal Supremo, pero éste se declaró incompetente. El Secretario de Estado Royall ordenó la constitución de una comisión que realizó investigaciones en Dachau.
Con estos procedimientos, y considerando, además, que los presos tenían la convicción de que estaban perdidos de todas formas, se consiguieron 71 oficiales y soldados "culpables", resultado de las confesiones obtenidas, que los soldados americanos y civiles belgas asesinados eran unos 900. Como que el "crimen" tomaba, de esta manera, mayor importancia que la que presentaba inicialmente, ya que sólo se suponían 71 asesinados, la acusación abarcó también a los generales Ditrich, Priess y Krámer, con lo que resultaban ser 74 los "culpables" del crimen de Malmedy.
A mediados de abril de 1946 se celebró en Dachau el "juicio", siendo para ello trasladados previamente allí los acusados y 300 testigos. Presidió el tribunal el General Dalbey, y actuó como asesor jurídico el Coronel Rosenfeld, que fue quien señaló el procedimiento a seguir, sin atenerse a ninguna norma escrita. Los mismos componentes de la comisión, que habían intervenido como instructores y arrancado las acusaciones, actuaron como acusadores en el juicio. La defensa corrió a cargo del Coronel norteamericano W. M. Everett, que lo solicitó voluntariamente, y de abogados alemanes. Pero mientras los miembros de la acusación tuvieron varios meses para preparar sus pruebas, Everett sólo dispuso de muy breve espacio de tiempo antes del día 16 de mayo de 1946, fecha en que se inició el juicio oral, y los abogados alemanes fueron convocados inmediatamente antes de la vista. Empezó el juicio aportando la acusación como pruebas concluyentes de culpabilidad las confesiones escritas obtenidas durante la instrucción. La defensa protestó inmediatamente, procediéndose luego a la prueba testifical. Esta no resultó favorable a la acusación, puesto que todos los testigos alemanes declararon la verdad manifestando que sus testimonios anteriores les habían sido arrancados por la fuerza. También los acusados se retractaron de sus confesiones explicando la forma como les habían sido obtenidas. La prueba de la acusación resultó todavía más debilitada cuando compareció para declarar como testigo el teniente coronel norteamericano McGown, que se había trasladado en avión desde los EE. UU. para este objeto. Este militar norteamericano había caído prisionero de la unidad alemana acusada por el crimen de Malmedy, siendo el militar de mayor graduación de entre los prisioneros. Por este motivo se hizo cargo de los mismos cuando fueron abandonados por los alemanes, y tuvo ocasión de interrogarles. Declaró que tanto él como los demás prisioneros habían sido tratados correctamente durante su fugaz cautiverio. La defensa consiguió además que el tribunal aceptara la prueba de inspección ocular, trasladándose al lugar del suceso, y poniéndose también allí en evidencia que los datos de la acusación no concordaban con la realidad. Todo ello, sin embargo, de nada sirvió. En el momento culminante del proceso, cuando los testigos de cargo declararon bajo juramento que sus testimonios durante el sumario habían sido conseguidos mediante torturas ejercidas sobre ellos, el miembro de la acusación Perl declaró, también bajo juramento, que no se había ejercido ningún maltrato durante la instrucción. Para el tribunal fue esto suficiente, y con gran rapidez, el día 16 de julio de 1946, dictó sentencia. Estuvo deliberando durante dos horas y veinte minutos, dedicando, pues, dos minutos a cada uno de los acusados. En la sentencia se imponían:43 penas de muerte por ahorcamiento,22 penas de prisión perpetua, 2 penas de 20 años de prisión, 1 pena de 15 años de prisión, y 5 penas de 10 años de prisión. La sentencia no contenía ningún razonamiento. Los condenados fueron sólo 73, porque uno de los acusados alegó su nacionalidad francesa, y fue enviado a su país para ser juzgado allí. La sentencia era inapelable. Sin embargo, debía ser confirmada por el Gobernador norteamericano en Alemania, solicitando Everett la revisión del proceso y partiendo luego, en 1947, para los EE. UU. Se hizo cargo entonces de la defensa en Alemania el doctor Leer. La actuación de los defensores consiguió que el general Clay (20 de marzo de 1948) redujera a 12 las condenas de muerte y rebajara ligeramente las privativas de libertad. El General reconoció, al conceder este indulto parcial, la deficiencia de las pruebas, lo cual resulta un razonamiento completamente arbitrario. Everett realizó en los EE. UU. su última gestión, consistente en recurrir al Tribunal Supremo, pero éste se declaró incompetente. El Secretario de Estado Royall ordenó la constitución de una comisión que realizó investigaciones en Dachau.